او از سوی حجتالاسلام خلخالی مأمور به شناسایی و دستگیری ضد انقلاب شد و با آغاز غائله ضد انقلاب در غرب کشور، به پاوه رفت و اینجا بود که پایش به جنگ باز شد و با آغاز رسمی جنگ، جزو نخستین افرادی بود که خود را به جبهههای جنوب رساند. اما در این مسیر حدود ۸۰ نفر از بچههای انقلابی را که از اعضای بیرون زده از ارتش پیش از انقلاب، اعضای ستاد مبارزه با مواد مخدر و کمیته انقلاب اسلامی سابق بودهاند را نیز با خود همراه کرد.
یک بار خواست با نیروهایش به جبهه برود که اتوبوس پیدا نمیکند. موضوع را به حجتالاسلام خلخالی اطلاع دادند، وی میگوید خود را با دو اتوبوسی که با آنها مواد مخدر حمل میشده و الان توقیف است، به جبهه برسانید و بعد که به مقصد رسیدید، راننده را آزاد کنید. سید مجتبی هاشمی در سال ۵۹ گروه فداییان اسلام را تشکیل داد و تا سال ۶۱ و شکست حصر آبادان، بیش از ۱۰ هزار نفر نیروی مردمی از سراسر کشور در قالب فداییان اسلام به فرماندهی او وارد جنگ شدند.
سید مجتبی، در این مدت در دو محور عملیاتی، زیر پل خرمشهر و جبهه ذوالفقاریه آبادان با تشکیل دو خاکریز به عنوان خط اول (الله) و خط دوم (علی) نیروها را سازماندهی کرد و به مدت یک سال در سرما و گرمای بالای ۵۰ درجه با کمترین امکانات و تحمل رنج و مشقت زیاد، توانست سدی مقابل ماشین مجهز جنگی ارتش عراق ایجاد کند و با همرزمانش ۳۰۰ شهید و ۴۰۰ جانباز تقدیم اسلام کرد.
بعد از شکست حصرآبادان، حضرت امام خمینی (ره) طی پیامی تشکرآمیز از زحمات رزمندگان فداییان اسلام تقدیر و تشکر کرده و گروه فداییان اسلام رسماً به کار خود در جبههها پایان داد. فعالیتهای مبارزاتی پیش و پس از انقلاب شهید هاشمی علیه منافقین و ضد انقلاب، موجب شده بود که کینه او را به دل بگیرند و به هر طریقی در صدد از سر راه برداشتن او باشند. تا آنجا که در دوران حضور شهید هاشمی در جبهههای جنوب، چندین بار تلاش کردند در آبادان او را مورد هدف قرار دهند اما نتوانستند.
سید مجتبی هاشمی و خانوادهاش بارها از طرف منافقین، تهدید به مرگ شده بودند اما سید لحظهای از عزم خود برای یاری رساندن به جبههها فروگذار نکرد. او بعد از مدتی از جبههها برگشت و مغازه لباسفروشیاش را دوباره دایر کرد. به گزارش ایران ناز بالاخره پس از پخش اعلامیههایی که در آن نام آقا سید و چند تن دیگر از بچههای فداییان اسلام به نام افرادی که توسط منافقین اعدام خواهند شد، ذکر شده بود، عاقبت در آستانه ماه مبارک رمضان سال ۶۴ شهید سید مجتبی هاشمی، از پشت سر هدف گلوله خشم منافقین قرار گرفت و به شهاد رسید.
منبع: ایران ناز